শিক্ষা প্রশাসন ও ব্যবস্থাপনা প্রশিক্ষণ কোর্স :

বিএমটিটিআই এর তিন ধরণের মাদরাসা প্রধানদের শিক্ষা প্রশাসন ও ব্যবস্থানা বিষয়ক প্রশিক্ষণ প্রদান করা হয়।

১.   সিনিয়র মাদরাসা (আলিম, ফাজিল ও কামিল স্তর) এর অধ্যক্ষ ও উপাধ্যক্ষদের জন্য শিক্ষা প্রশাসন ও ব্যবস্থাপনা প্রশিক্ষণ কোর্স। এই কোর্সের মেয়াদ তিন সপ্তাহ বা ২০ দিন।

২.   দাখিল মাদরাসা সুপার/সহকারী সুপারদের জন্য শিক্ষা প্রশাসন ও ব্যবস্থাপনা প্রশিক্ষণ কোর্স। এই কোর্সের মেয়াদও তিন সপ্তাহ বা ২০ দিন।

৩.   এবতেদায়ী (সংযুক্ত ও স্বতন্ত্র) মাদরাসা প্রধানদের জন্য শিক্ষা প্রশাসন ব্যবস্থাপনা প্রশিক্ষণ কোর্স। এই কোর্সের মেয়াদ ২(দুই) সপ্তাহ বা ১৩ দিন।

প্রশাসনিক প্রশিক্ষণ কোর্সে অফিস ও অর্থ ব্যবস্থাপনা পদ্ধতির উপর গুরুত্বারোপ করে প্রশিক্ষণ প্রদান করা হয়। এ ছাড়াও আইসিটি এর ব্যবহার, সমসায়িক বিষয় ও মাদরাসা পরিচালনা সংক্রান্ত বিভিন্ন ধরনের বিধি বিধান সম্পর্কে প্রশিক্ষণের আয়োজন করে বিএমটিটিআই।

প্রশিক্ষণার্থী নির্বাচন পদ্ধতি : এই ধরনের প্রশিক্ষণে প্রশিক্ষণার্থী নির্বাচনের ক্ষেত্রে বাংলাদেশ মাদরাসা বোর্ড  ও ইসলামী আরবি বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃক স্বীকৃত কিংবা এমপিওভুক্ত মাদরাসাসমূহের প্রধানদের/সহকারী প্রধানদের তালিকা তৈরি করা হয়। তালিকা করার ক্ষেত্রে প্রত্যেক কোর্সের বিষয়ে একটি কমিটি মাদরাসা নির্বাচন করে থাকে। এ ক্ষেত্রে দেশের সকল জেলার শিক্ষক যাতে প্রতিটি প্রশিক্ষণ কোর্সে আমন্ত্রণ পত্র পান সেদিকে বিশেষ নজর দেয়া হয়। তবে প্রশিক্ষণ গ্রহণের জন্য কোন প্রতিষ্ঠান প্রধান যদি আগ্রহ প্রকাশ করে আবেদন করেন তবে তার আবেদনকে বিশেষ বিবেচনায় এনে প্রশিক্ষণের জন্য নির্বাচনের ক্ষেত্রে অগ্রাধিকার দেয়া হয়। সিনিয়র মাদরাসা অধ্যক্ষ/উপাধ্যক্ষদের প্রশিক্ষণ কোর্স এ ৪০ জন প্রশিক্ষণার্থীকে এবং অন্যান্য প্রশাসনিক কোর্সের প্রতিটিতে ৫০ জন করে প্রশিক্ষণার্থীদের প্রশিক্ষণ দেয়া হয়।

প্রতিবছর সাধারণত (বাজেট প্রাপ্তি সাপেক্ষে) সিনিয়র মাদরাসা প্রধানদের জন্য ৩-৪টি, দাখিল মাদরাসা প্রধানদের ৫-৬টি এবং এবতেদায়ী মাদরাসা প্রধানদের ২-৩ টি প্রশিক্ষণ কোর্স পরিচালনা করা হয়।